我國特殊教育主管機關之行政體系，在中央為教育部，在直轄市為直轄市政府，在縣（市）則為縣（市）政府。

1.中央：

102年度教育部為提升特殊教育的服務品質，使各項業務得以順利推展，因此，將特殊教育工作組織編制為「學生事務及特殊教育司」及「國民及學前教育署」。其中「學生事務及特殊教育司」下設特殊教育科，負責相關大專校院之特殊教育政策規劃、 法規研修等特教工作之推動和督導；「教育部國民及學前教育署」於原住民族與少數族群及特殊教育組下設特殊教育科，負責高級中等以下學校特殊教育之法規研修及政策規劃，與經費補助及督導。

2.地方：

直轄市及縣（市）政府教育局（處），下設特殊教育科（部分縣市未獨立設科，大多與學前幼教業務合併在一起），負責授權法規之研修及政策規劃，並督導轄內中等以下教育階段所屬學校特殊教育之推動。